Nascida em Stirling, Escócia, Honeyman cresceu em uma família com uma mãe na função pública e um pai na área da ciência. Desde a infância, foi uma leitora ávida, frequentando a biblioteca com grande frequência. Estudou francês e literatura na Universidade de Glasgow e, posteriormente, fez pós-graduação em poesia francesa na Universidade de Oxford. Porém, optou por não seguir carreira acadêmica e trabalhou na função pública e como administradora na Universidade de Glasgow. Durante esse período, fez um curso de escrita na Faber Academy e participou de uma competição de ficção não publicada, o que levou à publicação de seu aclamado livro A Educação de Eleanor, que recebeu vários prêmios.
